Az Intézet mindenkori tervei egyrészt a régészetben és az örökségvédelem terén vállalt közfeladatok teljesítését, másrészt a nemzetközi és hazai tudományos projektekben való további sikeres részvételt érintik.
Az Intézet kiemelt feladatának tekinti a Magyarország Régészeti Topográfiája program folytatását és digitális alapú korszerűsítését. Az Intézet Magyarországon az elsők között reagált a nemzetközi kutatási trendekben lezajlott módszertani változásokra, fokozatosan előtérbe helyezve a településrégészeti kutatások térinformatikai adatfeldolgozását és a roncsolásmentes diagnosztikai eljárások meghonosítását az alább részletezendő fő kutatási irányok mentén.
Kutatásaink pályázati forrásokból folynak, alapvető elvárás a folyamatosság biztosítása. Az Intézet figyelmet fordít arra, hogy nemzetközi együttműködéseiben egyenrangú partner legyen. Fontos szempontunk a hosszabb távú partnerségek fenntartása és fejlesztése, valamint az eredmények minél szélesebb körű megismertetése folyóiratokban, rangos természettudományi fórumokon is.