MTA BTK Régészeti Intézet - Archeogenetikai Laboratórium

Vizsgálati anyag
Módszerek
Technikai háttér

Módszerek


Csontminta kifűrészelése.A vizsgálatra beérkező csontmintákat egyedi azonosítóval látjuk el, adataikat nyilvántartásba vesszük, majd fotót készítünk róluk. A csont elsődleges, fizikai tisztításához egy szeparált kabint építettünk, amelynek munkafelületeit, eszközeit nátrium-hipoklorittal és UV-C fénnyel sterilizáljuk a munkafázisok megkezdése előtt és azok után. Ebben a térben történik a csontdarab mechanikai tisztítása, amikor a csont felszínének legfelső néhány miliméterét csiszológéppel eltávolítjuk. A keletkező csontport a minél tisztább munkakörülmények és a kontamináció elkerülése érdekében egy nagyteljesítményű elszívóra szerelt mobil porszívó fej segítségével távolítjuk el a levegőből a munkavégzés közben. A fogminták felszínét homokcsiszolóval tisztítjuk meg. A megcsiszolt mintákat ismételt UV besugárzásnak tesszük ki, így távolítjuk el a felületükön lévő esetleges modern DNS szennyeződést.

Csiszolás
A megtisztított mintát az erre a célra épített porító helyiségben leőröljük, golyós-őrlőmalomban zúzzuk össze. Az így nyert csontport lemérjük, majd steril, zárható centrifugacsövekbe töltjük és a további feldolgozásig hűtőszekrényben tároljuk. A persely belső felületéről rendszeresen ellenőrző mintákat veszünk és ezt kontrollként az összes további munkafázisban a mintával együtt (azzal párhuzamosan) kezeljük.

DNS-izolálás
A DNS-izolálás lamináris fülke alatt, többféle módszerrel történhet, attól függően, hogy előzetesen milyennek ítéljük meg a csont állapotát (DNS-megtartóképességét), illetve, hogy milyen DNS vizsgálathoz izoláljuk a DNS-t. A csontból kinyert DNS-t egyedi azonosítóval ellátva fagyasztószekrényben tároljuk. Minden sorozathoz külön extrakciós üres kontrollt alkalmazunk, amelyeket a továbbiakban szintén a mintával párhuzamosan kezelünk. Ez kizárólag a tisztítási eljárás során felhasznált oldatokat tartalmazza.





PCR

Mitokondriális genom vizsgálata:

A mitokondrium egy sejtalkotó, ami az emberi test sejtjeinek energiaháztartásában játszik kiemelkedő szerepet, és önálló DNS-állománnyal rendelkezik. A mitokondriális DNS egy sejtben több száz, akár több ezer kópiában van jelen, és mivel öröklődése kizárólag anyai ágon történik, lehetővé teszi számunkra az anyai ági rokonság vizsgálatát. A mitokondriális DNS-ből kinyerhető eredmények populációgenetikai jelentőséggel bírnak.

Laborunkban 2015-ig elsősorban a mitokondriális DNS kontroll régiójának I-es típusú hipervariábilis régióját (HVR-I) vizsgáltuk, az innen kapott eredményeket pedig a kódoló régió bizonyos pozícióinak (polimorfizmusainak) meghatározásával erősítettük meg. 2015-től fokozatosan áttértünk a teljes mitokondriális genom új típusú szekvenálására, Illumina MiSeq készüléken. A DNS izolátumokból DNS könyvtárakat készítünk, melyekben a kémiai úton javított DNS fragmenseket egyedi molekuláris azonosítókkal, bárkódokkal látjuk el. Ezek a könyvtárak alapját képezik a hibridizációs befogáson (target capture) alapuló mitokondriális genom dúsítási (enrichment) eljárásnak.

Y kromoszóma vizsgálata:

Az Y kromoszóma az emberi test sejtmagi DNS állományát alkotó kromoszómakészlet haploid tagja, amely csak apai ágon öröklődik. A nagy része (~24 Mb) nem rekombinálódik az X kromoszómával, így ezen szakasz polimorfizmusainak vizsgálata az apai leszármazási vonalak követését teszi lehetővé.

Autoszómális DNS vizsgálat:


Post-PCR labor.

Az autoszómális DNS a testi sejtek sejtmagjában lokalizálódik. Markerei két kópiában ill. változatban vannak jelen sejtenként. Mivel az archaikus csontmintákban igen csekély a DNS mennyisége, ezért ezen szakaszok tanulmányozása sokkal problémásabb feladat. Az autoszómális DNS vizsgálata többek között vér szerinti családi kapcsolatok kutatására alkalmas. Minél több markert alkalmazunk, annál nagyobb valószínűséggel mondhatjuk meg, hogy a vizsgált személyek közvetlen rokoni kapcsolatban álltak-e vagy sem.

A sejtmagi DNS tipizálása mikroszatelliták (STR) fragmentanalízisével, egypontos polimorfizmusok (SNP) multiplex vizsgálatával és Illumia Miseq platformhoz helyben tervezett hibiridizációs befogás (target capture) nevű módszerrel történik.

Főoldal

Honlap utolsó frissítése:
2018.11.15.